Il resistoma intestinale: le novità

La resistenza antimicrobica costituisce motivo di importante preoccupazione ed è una delle principali minacce per la salute identificate dall’Organizzazione Mondiale della Sanità per i prossimi decenni. Il microbiota intestinale, in questo fenomeno, gioca un ruolo fondamentale in quanto ospita una enorme diversità di specie batteriche, alcune di queste in possesso di determinanti genetici di antibiotico resistenza (ARD) che possono consentire la loro sopravvivenza se esposti agli antibiotici. Tuttavia, questi determinanti potrebbero essere trasferiti ai batteri patogeni attraverso elementi genetici mobili. Questa ipotesi è mal supportata da una evidenza empirica dovuta alle lontane omologie tra ARD conosciute (principalmente da batteri coltivabili) e ARD del microbiota intestinale. Poichè non è stato ancora completamente effettuato un accurato censimento dei ARD intestinali (cioè il resistoma intestinale), gli Autori di questa pubblicazione, un team di quasi quaranta ricercatori, nato dalla collaborazione dell’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) in Francia, con il professor Willem van Schaik della University of Birmingham, ha sviluppato e convalidato un metodo di registrazione (pairwise comparative modelling) basata sulla struttura tridimensionale (appunto modellazione comparativa a coppie). In pratica per identificare i geni di resistenza nei batteri intestinali hanno confrontato le strutture tridimensionali di noti enzimi di resistenza antibiotica alle proteine prodotte dai batteri intestinali. Questo ha permesso la previsione di 6.095 ARD in un registro di 3,9 milioni di proteine del microbiota intestinale umano. Gli Autori hanno trovato che la maggior parte dei ARD previsti (pdARD) erano lontanamente imparentati con i ARD conosciuti (identità media di amminoacidi del 29,8%) e hanno trovato poche prove a sostegno del loro trasferimento tra le specie. Secondo la composizione del loro resistoma, gli Autori sono stati in grado di raggruppare i soggetti della coorte MetaHIT in sei resistotipi che erano collegati agli enterotipi precedentemente descritti. Infine, hanno scoperto che l’abbondanza relativa di pdARD era positivamente associata alla ricchezza genetica, ma non quando i soggetti venivano esposti agli antibiotici. In sintesi, gli Autori concludono che i risultati indicano che la maggior parte dei ARD del microbiota intestinale può essere considerata intrinseca al microbiota commensale dominante e che questi geni sono raramente condivisi con agenti patogeni batterici.