L’analisi del metagenoma è importante per capire il ruolo delle specie batteriche nella malattia di Crohn

Il disequilibrio del microbiota intestinale è uno dei tratti distintivi della malattia di Crohn (CD). Sebbene l’eziologia di questa malattia non sia ancora del tutto chiara, oltre alla genetica e allo stile di vita, la struttura della comunità microbica è uno dei fattori che contribuiscono al suo sviluppo. L’importanza di comprendere il ruolo del microbiota nella CD e la promettente opportunità della modulazione terapeutica della sua composizione sono state recentemente dimostrate da un trattamento coronato da successo nella CD con l’impiego del trapianto fecale realizzato in studi pilota (per esempio, in pazienti sia adulti che pediatrici). Una recente meta-analisi ha raccolto 11 studi. Studi indipendenti hanno mostrato un aumento di alcune specie batteriche, in particolare è stata segnalata l’Escherichia coli con il patotipo aderente all’intestino ed invasivo. Il ruolo di queste specie in questa malattia deve essere chiarito. I ricercatori di diversi centri coordinati da Alexander V. Tyakht del Federal Research and Clinical Centre of Physical-Chemical Medicine, Malaya Pirogovskaya, a Mosca in Russia, hanno portato avanti uno studio metagenomico per analizzare il microbiota intestinale di pazienti con malattia di Crohn. Per valutare la variabilità genetica è stata utilizzata una ricostruzione metagenomica del contenuto del consenso del genoma della specie. I ricercatori hanno dimostrato che i cambiamenti anormali nelle strutture della comunità microbica nella malattia di Crohn erano eterogenei tra i pazienti. I dati metagenomici hanno suggerito l’esistenza di più ceppi di E. coli all’interno dei singoli pazienti. Inoltre, lo studio ha evidenziato che la diversità genetica della specie era alta e che solo pochi campioni mostravano somiglianze con le varietà ad adesione invasiva. Le altre specie hanno dimostrato una diversità genetica paragonabile a quella osservata nei soggetti sani. Questi risultati sono stati supportati da un confronto dei genomi sequenziati di isolati dagli stessi campioni di microbiota e una meta-analisi dei metagenomi dell’intestino pubblicati. Gli Autori concludono che la diversità genomica delle E. coli associate alla malattia di Crohn all’interno e tra i pazienti apre la strada verso una comprensione dei meccanismi microbici alla base dell’insorgenza e della progressione della malattia di Crohn e lo sviluppo di nuove strategie per la prevenzione e il trattamento di questa malattia.