Polimorfismi nei singoli nucleotidi potrebbero inficiare i risultati di un saggio PCR

L’utilizzo di una strumentazione per l’identificazione delle mutazioni nel DNA tumorale circolante nel plasma (ptDNA) deve essere accompagnato da uno studio per il riconoscimento di polimorfismi di conformazione nei singoli nucleotidi (SNP) associati al locus genetico di riferimento. I saggi diagnostici basati su analisi molecolari sono particolarmente utili nell’identificazione delle differenti tipologie di carcinoma; per questa ragione Eric S. Christenson e colleghi si erano serviti di una piattaforma PCR (reazione a catena della polimerasi) per determinare le mutazioni K700E della subunità SF3B1 nei campioni clinici di pazienti affetti da carcinoma e con relative mutazioni nel ptDNA. Sebbene la maggior parte dei campioni avesse dimostrato la comune mutazione della SF3B1, la mutazione K700E aveva rivelato di essere prossima al 100% nel caso di uno specifico paziente. Un approfondimento di questo caso specifico ha mostrato come quest’unico paziente aveva un SPN (R702R) che comportava una impossibilità da parte del saggio PCR di riconoscere l’allele analogo. I ricercatori hanno quindi concluso evidenziando l’importanza d’identificare con accuratezza i potenziali SPN presenti nei loci sottoposti ad analisi, in modo che non interferiscano con l’efficacia dei saggi PCR durante le fasi di diagnosi e nel monitoraggio di pazienti affetti da carcinoma.