Un nuovo metodo diagnostico individua i tumori aggressivi

Nell’ultimo decennio, le tecnologie di sequenziamento genetico di nuova generazione (o sequenziamento in parallelo, Next generation sequencing, NGS) si sono diffuse nei laboratori di diagnostica e ricerca. Durante questo periodo, il numero di metodologie per la preparazione delle librerie di DNA per il NGS si è notevolmente ampliato, mentre il costo del sequenziamento è diminuito esponenzialmente. Nonostante questi progressi, il sequenziamento di più campioni in parallelo rimane costoso, principalmente a causa del modo in cui si ottiene il multiplexing. In genere, ciò viene eseguito indicizzando le librerie preparate da singoli campioni, seguite dal raggruppamento di più librerie nella stessa sequenza. Ciò significa che tutte le fasi della procedura di preparazione della libreria devono essere ripetute per ogni campione da sequenziare, questo richiede un notevole lavoro e moltiplica il costo dei reagenti. Inoltre, è necessaria un’accurata normalizzazione della concentrazione delle librerie prima di poter riunire più librerie, il che non è sempre possibile e richiede reagenti aggiuntivi. Al contrario, essere in grado di codificare direttamente il DNA genomico (gDNA) prima della costruzione della biblioteca, seguito dal raggruppamento di campioni con codici a barre differenziati in una singola biblioteca, dovrebbe consentire alti livelli di multiplexing a costi molto più bassi. Gli Autori di questo lavoro, del Karolinska Institutet in Svezia, descrivono il nuovo metodo CUTseq, in grado di identificare tumori altamente eterogenei che tendono ad essere molto aggressivi e quindi devono essere trattati in modo altrettanto aggressivo. Il copy number alterations (CNAs) è un fenomeno noto delle cellule tumorali ed i tumori con molti CNA sono in genere molto aggressivi e tendono a recidivare più frequentemente, anche dopo trattamenti importanti. Gli Autori hanno valutato accuratamente la sensibilità e la riproducibilità del metodo CUTseq in entrambe i campioni delle linee cellulari e del tessuto fissato con formalina e incluso in paraffina (FFPE) e dimostrano l’applicazione del metodo CUTseq nella profilazione del numero di copie di DNA. Etichettando il DNA estratto da più regioni dello stesso campione di tumore con codici a barre molecolari univoci, sono stati in grado di ottenere un quadro completo dell’eterogeneità dei CNA in un tumore con un singolo esperimento di sequenziamento. In conclusione, gli Autori ritengono che il metodo CUTseq costituisca un metodo versatile ed economico per la preparazione di librerie per sequenziamento del genoma che può trovare numerose applicazioni nella ricerca e nella diagnostica.